În antichitate, teritoriul dintre Nistru si Carpaţi aparţinea regatelor lui Decebal si Burebista. Regiunea sudică moldoveană de la Marea Neagră a aparţinut Imperiului Otoman, în acest timp partea de nord rămînînd dacilor liberi. Procesul de romanizare s-a realizat datorită legăturilor economice dintre aceştia. Situată pe o rută strategică intre Asia şi Europa, Moldova a fost deseori prădată sau invadată temporar pe parcursul istoriei antice şi medievale de diverse populaţii şi popoare migratoare, printre care se pot aminti: Goții (germanici), Hunii (mongolici), Bulgarii asiatici turcofoni (inițial, apoi cei slavofoni), Rușii kieveni, Maghiarii (ugro-finici), Pecenegii și Cumanii (turcofoni), și tătarii.

     Există mai multe teorii asupra originii numelui de Moldova. Numele de Moldova vine de la rîul cu același nume, pe valea căruia s-a format primul nucleu al noului voievodat. Potrivit cronicilor medievale, numele rîului ar veni de la Molda, cățeaua voievodului maramureșean Dragoș de Bedeu. Unii istorici sunt de părere că numele de Moldova vine de la molid. O altă teorie, socotită fantezistă printre filologi, susține că numele său derivă de la cuvintele din limba dacică (nescrisă până in prezent) molta (adica, "multum" din latină) și dava (cetate sau apă "acva->ava->dava"), de la care ar veni numele (ne-atestat) de Muldava. Majoritatea filologilor și istoricilor români susțin că denumirile râului și principatului provin din termenul de origine germanică mulde (adică "scobitură", "carieră" sau "culoar de scurgere").

     Voievozii români din Maramureș organizează un nou voievodat. Pe vremea lui Bogdan I, voievodatul Moldovei nu depășea ținutul rîurilor Moldova, Suceava și Siret. Urmașii săi și-au întins stăpînirea spre sud, vest, nord și est. În timpul lui Roman I teritoriul voievodatului depășește Prutul, fiind cucerită Cetatea Albă de la tătari. Stăpînirea moldoveană nu atingea Dunărea, fiindcă din 1330 gurile fluviului erau în stăpânirea voievozilor munteni, din familia Basarab, de unde provine și numele de Basarabia, care desemna atunci și regiunea situată în vestul rîului Trotuș și în sudul rîului Putna. Alexandru cel Bun a consolidat stăpânirea teritoriilor dintre Prut și Nistru, extinzându-și domnia și asupra gurilor Dunării, cu cetățile Galați, Oblucița (azi Izmail) și Chilia. Ulterior aceasta din urmă a fost cedată regelui Matei Corvin al Ungariei, dar luată înapoi de Ștefan cel Mare, nepot al lui Alexandru cel Bun și văr al lui Vlad Țepeș din Muntenia. Sub domnia lui Ștefan, Moldova a ajuns la întinderea și puterea ei maximă.

     După ce, în 1775, partea de nord-vest a Moldovei a fost cedată Imperiului Habsburgic, în 1792, prin Tratatul de la Iași, Imperiul Otoman a fost forțat să cedeze și teritoriile deținute în regiunea care acum se numește Transnistria, către Imperiul Rus. După războiul ruso-turc din 1806, prin Tratatul de la București din 1812 Imperiul Rus anexă trei noi teritorii: ținuturile turcești Hotin și Bugeac, și ținutul moldovenesc dintre Prut și Nistru. Bugeac era un nume turcesc: în românește, precum și în toate hărțile europene, teritoriul Bugeacului figura sub numele de Basarabia (după numele domnitorului muntean Basarab I care îi biruise acolo pe tătari în 1328 și 1331). Imperiul Rus a preluat numele de Basarabia pentru a desemna întreg teritoriul anexat în 1812, de la Hotin la mare, organizat într-o nouă gubernie, cu capitala la Chișinău, care, până atunci, fusese un mic târg din ținutul Lăpușna.

     În 1859 Principatul Moldovei s-a unit cu Țara Românească, prin alegerea unui singur domn pentru ambele principate,  în persoana lui Alexandru Ioan Cuza, punând astfel baza statului modern România.

     În 1918 a fost proclamată Republica Democratică Moldovenească, în hotarele guberniei Basarabiei, adică de la Hotin la Marea Neagră și la Dunăre, dar fără malul stîng al Nistrului, iar la 27 martie 1918, Sfatul Țării a votat unirea cu România.

     În iunie 1941, trupele germane și române au atacat Uniunea Sovietică și au ocupat RSS Moldovenească și RSS Ucraineană. Tratatul de la Paris din 1946 a returnat oficial Basarabia, Bucovina de Nord și Transnistria către URSS.

     Prin Hotărîrea Sovietului Suprem al R.S.S. Moldova din 1990,  Mircea Snegur a fost ales Președinte al R.S.S.Moldova.

     La 27 august 1991 în decursul procesului de destrămare a URSS-ului , Republica Moldova și-a declarat independența. La 23 mai 1991, denumirea statului R.S.S. Moldova a fost schimbată în cea de Republica Moldova.  La data de 1 decembrie 1996, Președinte al Republicii Moldova a fost ales fostul președinte al Parlamentului, Petru Lucinschi. La data de 4 aprilie 2001, prin Hotărârea Parlamentului Republicii Moldova, a fost confirmată alegerea lui  Vladimir Voronin în funcția de Președinte al Republicii Moldova. La 4 aprilie 2005 a fost reales in functie Vladimir Voronin. La 11 septembrie 2009 a fost ales ca Preşedinte interimar Mihai Ghimpu. În perioada de 28-30 decembrie 2010 interimatul l-a realizat Vladimir Filat, iar din 30 decembrie 2010 pîna in prezent aceasta functie o deţine Marian Lupu.